『iPhone 6s』のホームボタン（Touch IDセンサー）が、触れなくなるほど熱くなるという苦情が一部のユーザーから出ています。

Early iPhone 6S owners reporting burning hot Touch ID buttons

この問題はAppleのサポートコミュニティやTwitterなどで報告されており、書き込みによると「今朝起きたとき、ホーム画面は真っ暗な状態なのにホームボタンが燃えるように熱かった」とのことです。

My iPhone 6s home button is really hot and the … | Apple Support Communities

Twitterでの報告も似たようなもので、「燃えるように熱い」、「触れない」、「（熱いため）Touch IDによるオン／オフができない」と、いずれも「ホームボタンが熱い」ことを訴えています。

なお、この問題を報じたニュースサイト『Mashable』がAppleのサポートにコメントを求めたところ、「その問題は聞いたことがない」との回答があり、「ホットホームボタン」はiPhone 6sの抱える新たな問題となりそうです。
同様の問題が起きて困っている人は、Apple Storeのサポート「Genius Bar（ジーニアスバー）」へご連絡を。