iPhoneの写真をPCに取り込むとき、ファイルの一覧に
「.AAE」と言う拡張端子のファイルがある事がありますが、

これは、
iphoneで撮影した写真を「写真」アプリで編集した後出たファイルです。
（画像回転、縮小、トリミング等）
.AAEファイルは無視しても問題ありません。
PCへの転送も行えません。

※社外アプリ（純正以外）で編集等したファイルが転送されない場合、
そのファイルは、「そのアプリ専用の保存場所に保存」されている事が殆どです。
その場合は、そのアプリで「カメラロールに書き出す」か、iTune接続を行い、アプリの保存先フォルダを参照してください。
※アプリ独自の保存先は、USB接続だけでは見れません。iTuneで管理されます。